財政部高雄國稅局表示，機關團體財產總額或當年度收入總額達新臺幣（下同）1億元以上之教育、文化、公益、慈善機關或團體（下稱機關團體），其本身之所得及其附屬作業組織之所得免納所得稅者，除應符合「教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準」（下稱免稅標準）第2條第1項各款規定外，並應委託經財政部核准為稅務代理人之會計師查核簽證申報，方可適用免納所得稅。
該局進一步說明，依所得稅法第4條第1項第13款規定，機關團體符合行政院規定標準者，其本身之所得及其附屬作業組織之所得，免納所得稅。另依免稅標準第2條第1項及第2項規定，機關團體適用免稅條件包括賸餘財產歸屬、經營業務用於與創設目的有關活動支出比率…等；機關團體財產總額或當年度收入總額達1億元以上者，除符合上開規定外，並應委託經財政部核准為稅務代理人之會計師查核簽證申報。前開應辦理簽證之規定，係鑑於許多機關團體之會計制度未臻健全，對於登記財產規模或年度收入較大達規定標準者，參考「營利事業委託會計師查核簽證申報所得稅辦法」規定，應由符合規定之會計師查核簽證，以助機關團體實際從事於創設目的之活動。
該局舉例說明，該轄區甲團體於辦理109年度結算申報時，申報收入8,951萬元、餘絀數1,963萬元、支出比達60%以上，申報免納所得稅。經該局核對甲團體各項免稅標準之要件，發現其財產總額已逾1億元，依規定應委託會計師簽證，因輔導後仍無法提示會計師查核簽證申報資料，經詳加說明，該團體同意原申報免稅之餘絀數1,963萬元全數列為課稅所得，補徵稅額392.6萬元。
該局提醒，各機關團體應注意自身之財產總額或當年度收入總額，達1億元以上者，應依規定委託經財政部核准為稅務代理人之會計師查核簽證申報，以免不適用免稅標準，失去免稅資格。
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