財政部南區國稅局表示，獨資合夥商號自107年度起辦理營利事業所得稅結算、決算或清算申報時，無須計算及繳納應納稅額，其營利事業所得額，應由獨資資本主或合夥組織合夥人列為營利所得，依規定繳納綜合所得稅；但是，要特別注意的是獨資合夥商號如有短漏報所得額，除獨資資本主或合夥組織合夥人因綜合所得稅短漏報營利所得，應依法補稅及處罰外，該商號的營利事業所得稅仍應依所得稅法第110條第4項規定處罰。
該局舉例說明，甲獨資商號109年度營利事業所得稅結算申報，列報全年課稅所得額為300萬元，嗣經國稅局查獲甲商號短漏報課稅所得額120萬元，除應就其資本主A君綜合所得稅因短漏報營利所得120萬元補稅及處罰外，甲商號雖無須補繳營利事業所得稅應納稅額，但仍應就其短漏報所得額120萬元，按109年度適用之營利事業所得稅稅率20%計算之金額24萬元（120萬元×20%）處2倍以下罰鍰。
該局籲請獨資合夥商號應注意依規定正確申報，倘因疏失而有漏報所得額情事者，只要在未經檢舉、未經稽徵機關或財政部指定的調查人員進行調查前自動補報並補繳所漏稅款，依稅捐稽徵法第48條之1規定，可免除稅法相關處罰。
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