財政部北區國稅局表示，依產業創新條例第10條規定，最近3年內未違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大情事之公司或有限合夥事業，其從事研究發展之支出，申請適用投資抵減，應在辦理當年度營利事業所得稅結算申報開始前3個月起至申報期間截止日內，向中央目的事業主管機關提出研究發展活動及專案認定之申請，並在辦理當年度結算申報時，依規定格式填報及檢附相關文件，送請公司或有限合夥事業所在地國稅局核定其投資抵減稅額，以符合程序要件。
該局進一步說明，公司或有限合夥事業申請適用研究發展支出投資抵減時，應注意除研究發展活動之認定申請外，依公司或有限合夥事業研究發展支出適用投資抵減辦法第5條及第8條規定，應向中央目的事業主管機關提出專案認定申請之4項支出如下：
(一)專為研究發展購買或使用之專用技術之當年度攤折或支付費用。
(二)專為用於研究發展所購買之專業性或特殊性資料庫、軟體程式或系統之費用。
(三)委託國外大專校院或研究機構研究，或聘請國外大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用。
(四)公司或有限合夥事業與國內外公司、大專校院或研究機構共同研究發展所為之支出。
該局舉例說明，轄內甲公司辦理109年度營利事業所得稅結算申報時，依產業創新條例第10條規定列報研究發展支出適用投資抵減，已依規定向經濟部工業局提出研究發展活動認定申請並經審核符合「高度創新」，惟其中專為研究發展購買或使用之專用技術1,900萬元，因未向經濟部工業局提出專案認定申請，與前揭規定不符，遂否准該項專用技術1,900萬元適用投資抵減優惠。
該局特別提醒，公司或有限合夥事業申請適用研究發展支出投資抵減時，如有應專案認定之申請項目，請留意申請程序及條件，以免不符稅法規定而遭調整補稅。如仍有不明瞭之處，歡迎至該局網站(https://www.ntbna.gov.tw)查詢相關法令或利用免費服務電話0800-000321洽詢，該局將竭誠提供詳細諮詢服務。
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