一、免納所得稅之土地，誤扣除其土地漲價總數額
交易土地符合所得稅法第4條之5規定，如尚未被徵收前移轉依都市計畫法指定之公共設施保留地等，係屬免納所得稅範圍，故其土地漲價總數額亦不得扣除。
二、適用房地合一新制之土地，未逐筆計算土地漲價總數額或計算錯誤
當年度交易2筆以上之房屋、土地，應依規定逐筆計算填報，房地交易所得額於減除依土地稅法第30條第1項規定計算之土地漲價總數額後之餘額，計入營利事業所得額課稅，餘額為負數者，以零計算；房地交易所得額為負者，得自營利事業所得額中減除，但不得減除土地漲價總數額。
舉例說明：總機構在中華民國境內甲公司於108年度交易3筆新制房地，未依規定逐筆計算填報，申報計入營利事業所得額0元（如表一 ），惟經逐筆計算，其第2筆之房地交易所得額50萬元，減除依土 地稅法規定計算之土地漲價總數額100萬元後之餘額為-50萬元，應 以0元計入營利事業所得額；另第3筆房地交易所得額為-100萬元， 則不得再減除土地漲價總數額50萬元，以-100萬元計入營利事業所 得額，3筆新制房地計入營利事業所得額金額總計為50萬元（如表 二），故甲公司短計課稅所得額50萬元。
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