該局說明，依電子發票實施作業要點第9點規定，電子發票之開立、作廢、銷貨退回、進貨退出或折讓，應經交易相對人同意，營業人並應留存該同意訊息與相關證明文件，至少保留5年，又依統一發票使用辦法第7條第5項規定，開立電子發票之營業人，買受人為營業人者，應於開立後7日內將統一發票資訊傳輸至平台存證，並由平台通知買受人接收，買受人未於平台設定接收方式者，應由開立人通知。如有發票作廢、銷貨退回或折讓時，開立人應依上開時限完成交易相對人接收及將資訊傳輸至平台存證。
該局進一步說明，作廢電子發票需經買賣雙方合意，開立人除依上述規定於時限內將作廢資訊上傳至平台及通知買受人外，應確認買方營業人確實收到作廢發票之通知，以避免爭議。另建議不論買方或賣方營業人均應向平台申請帳號及密碼，可隨時利用平台查詢進銷項之電子發票資訊，再依雙方交易事實及加值型及非加值型營業稅法相關規定申報營業稅；又開立電子發票之營業人應切實遵守前揭規定，正確開立、作廢及上傳電子發票，以確保平台之電子發票資訊之即時性及正確性，避免因時間落差，造成買方營業人因誤將已作廢之電子發票申報扣抵銷項稅額而受罰。
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