該局指出，公司或有限合夥事業欲適用前項投資抵減，應提出具一定效益之投資計畫，經各中央目的事業主管機關專案核准，且於同一課稅年度以申請一次為限，並應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前4個月起至申報期間截止日內，登錄目的事業主管機關系統並依式填報及上傳投資計畫與申請適用投資抵減之支出項目有關證明文件，完成線上申辦作業。同時於辦理當年度營利事所得稅結算申報時依規定格式填報並檢附前開投資計畫及有關投資計書之證明文件(如:統一發票、付款證明、交貨證明及契約等相關文件)送請公司或有限合夥事業所在地之稅捐稽徵機關核定其投資抵減稅額，逾期未提出，無法適用。
公司或有限合夥事業於結算申報時得選擇以下列方式之一抵減應納營利事業所得稅額，一經擇定不得變更。其各年度投資抵減金額以不超過當年度應納營利事業所得稅額30%為限：
一、於支出金額5%限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額。
二、於支出金額3%限度內，自當年度起3年內抵減各年度應納營利事業所得稅額。
該局特別提醒公司或有限合夥事業應注意上開投資抵減，於同一年度合併適用前項投資抵減及其他投資抵減時，其當年度合計得抵減總額以不超過當年度應納營利事業所得稅額50%為限。但依其他法律規定當年度為最後抵減年度且抵減金額不受限制者，不在此限。
民眾如有任何疑問，可撥打免費服務電話0800-000321，該局將竭誠服務。
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