該局進一步表示，營利事業受嚴重特殊傳染性肺炎影響，自政府領取之各項補助，按商業會計法及商業會計處理準則規定，應列帳營業外收益，為確實達到紓困目的，紓困條例第9條之1規定，該項補助免納所得稅。因此，營利事業受疫情影響所領取之各項補助，應列為取得年度之免稅收入，於辦理營利事業所得稅結算申報時，自行依法調整減除該筆免稅收入，又為避免影響紓困補助之發放目的及實質效益，其必要成本及相關費用得核實認列，無須依所得稅法第24條第1項規定個別歸屬或分攤於該免稅收入。醫療（事）機構如屬個人執行業務者，其依所得稅法第14條第1項第2類採核實計算執行業務收入及相關成本費用者，亦採相同方式，得核實認列相關成本費用。
該局舉例說明，甲公司109年6月全職員工有20人，109年7月至9月給付員工經常性薪資新臺幣（下同）225萬元，因受疫情影響，依紓困條例規定向經濟部申請並受領109年7月至9月薪資補貼90萬元及營運資金補貼20萬元，甲公司應列帳其他收入110萬元，嗣於辦理109年度營利事業所得稅結算申報時，自行依法調整減除該補助收入110萬元，至於公司受補助期間給付員工之薪資225萬元得核實認列費用，無須個別歸屬或分攤於該免稅收入。
該局特別提醒，為落實政策目的，營利事業及個人領取紓困條例各項補助免納所得稅之金額，不列為營利事業及個人基本所得額之加計項目，以達產業紓困及振興之效果。
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