該局指出，研究發展支出中專門從事研究發展工作全職人員之薪資費用，如包含獎酬員工股份基礎給付部分，營利事業係於給與日按權益商品公允價值認列薪資費用，若營利事業有規定員工需服務滿一定年限方屬既得，則於既得期間隨著員工勞務之提供認列薪資費用。惟上述以獎酬員工股份基礎給付之薪資費用，營利事業如申請適用投資抵減，則應以已實際發放或執行數額計算可適用投資抵減之稅額。
該局舉例說明，甲公司107年度研究發展計畫僅有1項，並經經濟部工業局審查符合「公司或有限合夥事業研究發展支出適用投資抵減辦法」第2條規定之創新活動，該營利事業於107年度共執行2次轉讓庫藏股予員工，經計算各次給與日列報之薪資費用中，屬於研究發展支出中專門從事研究發展工作全職人員之薪資費用分別為150萬元及120萬元，惟其中第2次轉讓庫藏股予員工之股票實際撥付日期為108年1月31日，因未於107年實際發放，故計算甲公司107年度可適用投資抵減之稅額時，應排除第2次轉讓庫藏股予員工之薪資費用120萬元。
該局呼籲，營利事業獎酬員工股份基礎給付係於給與日列報薪資費用，惟申請適用投資抵減則以已實際發放或執行數額為準，請營利事業於申請適用投資抵減稅額時，應留意其間之差異，避免投資抵減稅額計算錯誤。
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