該局說明，依營利事業所得稅查核準則第99條第1款規定，投資損失應以實現者為限；其被投資之事業發生虧損，而原出資額並未折減者，不予認定。營利事業投資損失如屬被投資事業清算所產生者，應以實際投資成本減除清算後實際分配金額計算投資損失，在清算前已因被投資公司減資而列報過的投資損失，清算時就不能重複列報投資損失。
該局舉例，甲公司在95年間投資乙公司，原始投資成本為1億2,000萬元，乙公司因經營不善虧損累累，因此在98年辦理減資彌補虧損，甲公司於98年依原始投資成本按減資比例列報投資損失9,000萬元，減資後甲公司對乙公司的投資成本應為3,000萬元；經過多年乙公司營運仍未見起色，遂於105年辦理清算結束營業，甲公司取得清算分配款300萬元，甲公司投資損失應為2,700萬元（實際投資成本3,000萬元－清算分配款300萬元），卻仍以原始投資成本1億2,000萬元計算投資損失1億1,700萬元（原始投資成本1億2,000萬元－清算分配款300萬元），致重複列報投資損失9,000萬元，除遭補稅外並處漏稅罰。
該局提醒，營利事業在列報投資損失時，除應符合營利事業所得稅查核準則第99條規定外，並應檢視對被投資公司投資成本變動情形，避免發生重複列報投資損失，以維自身權益。
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