該局說明，依傳染病防治法第55條規定：「中央流行疫情指揮中心（下稱疫情指揮中心）成立期間，各級政府機關依指揮官之指示，對於事業徵用及配銷防疫物資之行為，得不受公平交易法第14條、商品標示法有關商品標示文字、標示方法及標示事項等規定之限制；各該事業受各級政府機關委託，依政府機關規定價格代售徵用或配銷之防疫物資，其出售收入全數交該委託機關解繳公庫者，免課徵營業稅。」為因應嚴重特殊傳染性肺炎(COVID-19)疫情，於疫情指揮中心成立期間，健保特約藥局受政府機關委託，依規定價格代售徵用口罩或配銷之75%防疫清潔用酒精取得的收入，全數交該委託機關解繳公庫，依前揭規定，藥局該部分收入免課徵營業稅，免開立統一發票，且不計入銷售額，免列入營業稅銷售額申報。
該局指出，於疫情指揮中心成立期間，不論專營或兼營依醫師處方箋從事調劑及經調劑後藥品供應業務的健保特約藥局，其受政府委託代售徵用口罩或配銷之75%防疫清潔用酒精所取得的收入，均免開立統一發票，並免列入營業稅銷售額申報，切勿列入「免稅銷售額」申報，以免影響權益。
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