該局說明，公司或有限合夥事業投資支出總金額在同一課稅年度內合計達新臺幣100萬元以上、10億元以下者，得選擇於支出金額5%限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額，或於支出金額3%限度內，自當年度起3年內抵減各年度應納營利事業所得稅額，抵減稅額以不超過當年度應納營利事業所得稅額30%為限。若有合併適用其他投資抵減，其合計得抵減總額以不超過當年度應納營利事業所得稅額50%為限，但若依其他法律規定當年度為最後抵減年度且抵減金額不受限制者，則適用其他法律之投資抵減稅額不受前開50%之限制。
該局進一步指出，公司或有限合夥事業欲申請適用該投資抵減者，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前4個月起至申報期間截止日內，到經濟部所建置之申辦系統（下稱經濟部系統），依該系統格式進行填報，並上傳投資計畫及支出項目有關之證明文件，始完成線上申辦，逾期不得再線上申辦或以紙本申請，同一課稅年度以申請1次為限。又經經濟部系統通知申辦完成者，不得再次申請或登錄修改已傳送之相關文件資料。於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，應依規定格式填報，並檢附相關文件，送請所在地之稅捐稽徵機關核定其投資抵減稅額。
該局呼籲，公司或有限合夥事業如欲適用產業創新條例第10條之1規定者，應注意前揭相關時程及作業規定，以免影響適用租稅優惠之權益。
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