該局舉例說明，甲公司108年度依法對從事特別危害健康工作之勞工，定期施行特定項目之健康檢查費用共新臺幣（下同）30萬元，另補助員工一般性定期健康檢查費用50萬元，則甲公司於辦理108年度營利事業所得稅結算申報時，應將上述健康檢查費用分別列報於職工福利30萬元及薪資費用50萬元，另員工取得健康檢查補助50萬元，應併計員工薪資所得辦理綜合所得稅申報。
該局指出，營利事業給付員工健康檢查費用時，應注意上開規定區分處理，對於屬員工薪資所得部分，於給付時應依規定辦理扣繳申報，以免因違反扣繳義務遭補稅處罰。
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