該局舉例說明，轄內甲公司承攬乙君建物改建工程，原訂工程總價新臺幣(下同)350萬元，乙君於施工期間陸續支付200萬元，未取得甲公司開立之發票，其後因施作內容爭議，雙方協議工程結算總價為310萬元，乙君隨即交付尾款110萬元，但甲公司仍以乙君未另行支付工程總價5%營業稅為由，拒不開立發票報繳營業稅。案經國稅局查獲，按規定營業人銷售貨物或勞務之定價應內含營業稅，乙君已支付工程款，甲公司即應開立發票報繳營業稅，甲公司同時有未依規定給與他人憑證及短漏報營業稅情事，除核定補徵營業稅，並就所漏稅額裁處罰鍰。
該局提醒，包作業營業人承攬工程，應按「工程合約所載每期應收價款時」開立統一發票及報繳營業稅，定作人如因倒閉、逃匿、重整、和解或破產之宣告，或其他原因，致應收款之一部或全部不能收回，可於事實發生並已取具相關證明文件之翌日起算10年；或因該應收款有逾期2年，經催收未能收取者，以該應收款逾期屆滿2年之翌日起算10年內，依「財政部各地區國稅局受理包作業營業人因買受人事由無法收回價款申請退還營業稅或留抵應納營業稅作業要點」規定，填具相關書表並檢附證明文件，向所轄國稅局分局、稽徵所申請將溢繳營業稅退還或留抵。
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