該局說明，為避免所得稅雙重課稅，所得稅法第3條第2項規定，營利事業之總機構在中華民國境內者，因合併申報其境外之所得，已依所得來源國稅法規定繳納之所得稅，得提出所得來源國稅務機關發給之同一年度納稅憑證，依規定扣抵當期營利事業所得稅結算申報應納稅額。又依適用所得稅協定查核準則第26條規定，依所得稅協定規定屬於他方締約國免予課稅之所得，或訂有上限稅率之所得，不得申報扣抵其因未適用所得稅協定而溢繳之國外稅額。
該局舉例說明，甲公司102年度營利事業所得稅列報取自印尼A公司之佣金收入，並將其於印尼繳納之所得稅額，列報境外所得稅額扣抵。因印尼業與我國簽署「駐印尼台北經濟貿易代表處與駐台北印尼經濟貿易代表處避免所得稅雙重課稅及防杜逃稅協定」，依該協定第7條第1項規定，締約一方之國家之企業，除經由其於締約他方之國家境內之固定營業場所從事營業外，其營業利潤僅由該締約一方之國家課稅。甲公司在印尼並無固定營業場所，其自印尼取得之佣金收入，屬該協定第7條規範之營業利潤，應僅由我國課徵所得稅。因該營業利潤屬於印尼免予課稅之所得，故甲公司不得申報扣抵其因未適用所得稅協定而於印尼溢繳之稅額，因此該局將列報之扣抵稅額全數剔除。
該局呼籲，在國際租稅發展漸趨頻繁之今日，為避免所得稅雙重課稅，營利事業於各國從事國際貿易，應注意相關所得稅協定內容，以維護自身權益。
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