該局說明，財政部75年7月26日台財稅第7555737號函釋規定，包作業承包工程，其開立統一發票報繳營業稅時限，營業稅法「營業人開立銷售憑證時限表」有規定，應依工程合約所載每期應收價款時開立；又出包人依工程合約對承包人所為之罰款，並不影響承包人(包作業)依前項規定時限開立統一發票及報繳營業稅之時限。因此，承包人被處罰款與依時限開立發票係屬兩件事，故承包人不得因以應收工程款項抵付逾期完工罰款，而主張以差額開立統一發票。
該局舉例說明，包作業營業人甲公司承攬乙公司水電工程，工程尾款尚有300萬元未收取，嗣後因工程未能如期完工，乙公司依據合約規定以工程尾款抵付逾期罰款100萬元，甲公司仍應依工程合約所載當期應收價款開立發票300萬元並報繳營業稅款，不得以實際收取金額僅200萬元為由，逕以差額開立統一發票。
該局特別提醒，包作業營業人逾期完工遭受罰款與依時限開立發票係屬二事，營業人不得以工程款抵付逾期罰款，而就差額開立統一發票，以免發生短漏開發票及逃漏營業稅情事，而被稽徵機關補稅及處罰。
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