該局說明，依所得稅法規定，中華民國境內居住之個人全年綜合所得總額不超過當年度規定之免稅額及標準扣除額之合計數者，得免辦理結算申報。但申請退還扣繳稅款及可扣抵稅額者，仍應辦理結算申報。另綜合所得稅納稅義務人未辦理結算申報，經稽徵機關核定補徵稅款並繳清後，始申請增列符合所得稅法第17條規定之扶養親屬，稽徵機關將重核其應納稅額，如有溢繳稅款准予退還，但仍以原補徵稅款為限。
該局舉例，李君未辦理104年度綜合所得稅結算申報，經稽徵機關核定應納稅額3萬元，減除扣繳稅款1萬元後，尚應補繳稅款2萬元，李君繳清稅款後申請增列2名受扶養親屬及退還稅款3萬元，案經稽徵機關重核應納稅額0元，李君原補繳稅款2萬元得予退還，但扣繳稅款1萬元之部分，因李君未依規定辦理結算申報，依規定仍不得申請退還。
該局提醒，納稅義務人應留意如有依法可申請退稅之扣繳稅款、可扣抵稅額，但漏辦理綜合所得稅結算申報者，在未經稽徵機關核定前，應儘速辦理補報即可申請退稅，如經稽徵機關以未申報案件核定，除無列舉扣除額之適用，亦僅能以原補徵稅款為限辦理退稅。
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