該局舉例說明，甲公司承作乙公司的發包工程，工程總價800萬元，雙方約定將拆除的工程廢料直接折抵工程款50萬元，該交易實際上是甲公司向乙公司購買工程廢料，將應支付廢料價款直接自應收工程款中折抵，因承作工程與購買廢料係屬不同交易行為，雖約定直接折抵工程款，但僅是債權債務相互抵銷，並非減少工程總價，甲公司仍應按工程總價800萬元開立統一發票給乙公司，並取得乙公司所開立出售廢料價款50萬元的統一發票。就乙公司來說，應就銷售廢料50萬元開立統一發票給甲公司，並取得甲公司開立工程總價800萬元的統一發票。如果僅由甲公司以折抵廢料後所收工程款淨額750萬元開立統一發票給乙公司，國稅局會分別對甲公司及乙公司，就短漏開及漏報工程款（廢料）50萬元部分，依加值型及非加值型營業稅法第51條第1項第3款及稅捐稽徵法第44條規定擇一從重處罰，並就未取得廢料（工程款）之進項憑證金額50萬元部分，依稅捐稽徵法第44條規定處罰。
該局呼籲，營業人不論承攬工程或發包工程，如有將廢料折抵工程款情事，應就各自交易分別開立統一發票給對方，並如實報繳營業稅，同時向對方取得進項憑證，否則一旦被查獲，不僅補稅，還要處以漏稅罰及行為罰。
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