該局查核甲公司104年度營利事業所得稅結算申報案件時，發現該公司申請適用依產業創新條例規定之研究發展支出投資抵減金額，未減除取自財團法人資訊工業策進會之補助款1千餘萬元。該公司說明上開投資抵減向經濟部工業局申請適用之研發計畫為「A技術創新開發計畫」，與財團法人資訊工業策進會核發補助款之研發計畫為「B系統開發計畫」不同，惟因該公司在「A技術創新開發計畫」之重點摘要書中有記錄B系統之項目，且該公司未能提供該補助款支出項目供核，該局遂將該筆補助款自研究發展支出金額中減除，核定應補徵稅額150餘萬元。
該局呼籲，公司申請研究發展支出適用產業創新條例規定之投資抵減稅額時，應注意不包含政府補助款，並應詳實記載補助款支出項目及相關補助計畫內容，以免因不符稅法規定遭剔除補稅，影響自身權益。
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