財政部臺北國稅局表示，常有公司詢問為其員工支付國內醫院或診所之醫藥費用應否辦理扣繳及應否列報為員工所得？
該局說明，營利事業為所屬員工給付國內醫療院所的醫藥費用，應填報扣免繳憑單規定如下：
（一）给付國內公立醫院之醫療費用：因各級政府機關之各種所得，免納所得稅，故營利事業於給付時，應免予扣繳所得稅款，亦免填報免扣繳憑單。
（二）給付國內私人診所之醫藥費用：診所係屬所得稅法第11條第1項所稱之執行業務者，依各類所得扣繳率標準第2條規定，營利事業於給付時，應按給付額扣取10﹪之扣繳稅款，並填報執行業務所得扣繳憑單。
（三）給付財團法人醫院之醫療費用：財團法人醫院係屬所得稅法第11條第4項規定之教育、文化、公益、慈善機關或團體，非屬同條第1項所稱之執行業務者，其提供醫療勞務收取之所得，應依「教育文化公益慈善機關機關或團體免納所得稅適用標準」第2條及第2條之1規定辦理徵免所得稅。故營利事業為其所屬員工支付財團法人醫院之醫療費用，因不屬於所得稅法第88條及第92條規定辦理扣繳及申報範圍，營利事業於給付時免予扣繳所得稅，惟應依所得稅法第89條第3項規定，將給付醫療費用之所得資料，列單申報主管稽徵機關。
該局進一步指出，公、教、軍、警、公私事業職工由服務單位支領或給付之醫藥費用，因係屬職務上取得之補助費，核屬所得稅法第14條第1項第3類規定之薪資所得，依法應併計員工取得年度綜合所得總額課稅；如所屬員工因執行職務受傷，營利事業代受傷員工給付予醫療院所之醫療費用，依同法第4條第3款規定，係屬營利事業對受傷員工之損害賠償，尚非補助性質，免予計入該員工之薪資所得。又如員工自行就醫之醫藥費，由員工於就醫時先行墊付，再檢據向營利事業支領者，則免予對醫療院所辦理扣繳及填報扣（免）繳憑單。
該局呼籲，營利事業應依所得稅法相關規定辦理扣（免）繳憑單申報事宜，以免未依限申報遭罰。
（聯絡人：審查二科李股長；電話2311-3711分機1550）