中小企業從事研究發展，除可提升企業競爭力外，研究發展支出還可以享受抵稅的優惠。
南區國稅局表示，中小企業研究發展支出適用投資抵減所得稅，有2種抵減方式可供選擇，可依「抵減率15%，抵減當年度所得稅」或「抵減率10%，自當年度起抵減3年所得稅」擇一適用，每年度抵減金額不超過當年度應納稅額的30%，但請注意必須在規定期限內提出申請，才可享受抵稅優惠。
南區國稅局說明，依中小企業發展條例及其相關子法規定，辦理公司登記且符合中小企業認定標準所定基準之公司，從事具備「一定創新程度」之研究發展活動之支出，可抵減公司之應納所得稅，但必須在當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前3個月起至申報期間截止日前，向中央目的事業主管機關提出申請，另外在辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，必須依規定格式填報，送請稅捐稽徵機關核定抵減稅額。
以104年度營利事業所得稅結算申報為例，採用曆年制的公司，應在105年2月1日起至5月31日止，檢具相關文件向中央目的事業主管機關申請認定其104年度之研究發展活動是否符合獎勵規定，並且在105年5月辦理104年度營利事業所得稅結算申報時，依規定格式填報一併向國稅局提出抵稅申請，以符合規定之申請程序。
國稅局指出，臺南某中小企業103年從事研究發展支出800餘萬元，於104年5月間辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，雖依規定格式填報並向國稅局申請研究發展支出抵減稅額120餘萬元，惟該公司並未在104年2月至5月間向經濟部工業局申請審查認定，以致於無法適用投資抵減，而被補稅120餘萬元及加計利息。
該局特別提醒，採曆年制的公司，104年度如要適用研究發展支出抵稅獎勵者，最遲應於105年5月31日前，向中央目的事業主管機關申請研究發展活動或專案支出之認定，並在同年5月辦理營利事業所得稅結算申報時一併填報向國稅局提出申請，以免影響抵稅權益。

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