該局補充，財政部嗣於100年6月22日發布「營利事業對關係人負債之利息支出不得列為費用或損失查核辦法」(以下簡稱查核辦法)，營利事業自辦理100年度營利事業所得稅結算申報起，對關係人之負債占業主權益之比率超過3比1者，超過部分之利息支出不得列為費用或損失。
該局說明，財政部104年3月23日台財稅字第10304650860號函表示，公司向關係人借款所給付關係人之利息支出，如已由國外母公司於當年度同額補貼，並於當年度營利事業所得稅結算申報時將該補貼金額列報營業收入課稅，該關係人負債，免納入查核辦法第4條第1項規定關係人之負債；該關係人負債之利息支出，免納入同辦法第5條第1項規定計算不得列為費用或損失之利息支出。
該局提醒，倘經稽徵機關查明無實質補貼相關利息支出之事實，而係將原屬勞務報酬之一部分改列為利息補貼者，稽徵機關仍將依實質課稅原則認定關係人負債及利息，依所得稅法第43條之2及查核辦法規定辦理。
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