財政部臺北國稅局表示，98年度至103年度獨資、合夥組織結（決）、清算申報，無須計算及繳納應納之結算稅額，由獨資資本主或合夥人列入營利所得併入綜合所得稅。惟自104年度起獨資、合夥組織營利事業所得稅結（決）、清算，申報繳稅制度改變，要以其全年應納稅額半數，減除尚未抵繳的扣繳稅額，計算應繳的結算稅額於申報前自行繳納;並將其營利事業所得額減除應納稅額半數之餘額，歸併獨資資本主及合夥組織合夥人之營利所得，課徵綜合所得稅。但若其為小規模營利事業，仍無須辦理結（決）、清算申報繳稅，維持現制，由獨資資本主或合夥人列入營利所得併入個人綜合所得稅申報。

該局表示，因103年6月4日公布「所得稅法」部分條文修正案，修正所得稅法第71條、第75條規定，自104年度施行，獨資、合夥組織（小規模營業人除外）應納稅額半數，減除尚未抵繳的扣繳稅額，應於申報前自行繳納。另所得稅法第69條免予暫繳之規定並未修正，獨資、合夥組織營利事業及經核定之小規模營利事業不適用暫繳等相關規定，每年9月間仍免辦理暫繳申報並免繳納暫繳稅款。

該局舉例說明，甲獨資商行105年5月申報104年度營利事業所得稅全年所得1,000,000元，應納稅額為170,000元，扣繳稅額100元，申報前應自行繳納84,900元（應納稅額半數減除扣繳稅額）。而應歸併獨資資本主綜合所得稅之營利所得為915,000元（營利所得減除應納稅額半數），且無可抵繳之扣繳稅額。

該局進一步指出，所謂小規模營利事業係指屬於規模狹小，平均每月銷售額未達新臺幣20萬元而按查定課徵營業稅之獨資、合夥組織，其無須辦理結（決）、清算申報，維持現行課稅制度，由獨資資本主及合夥組織合夥人列為個人綜合所得稅之營利所得，課徵綜合所得稅，請小規模營利事業主多加注意。

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