該局說明，公司組織之營利事業因孳息他益股權信託契約取得收益，實非其自行投資國內其他營利事業所獲配之股利淨額或盈餘淨額，自無所得稅法第42條第1項不計入所得額課稅規定之適用，其所含之可扣抵稅額，亦不得依所得稅法第66條之3規定，計入股東可扣抵稅額帳戶餘額。
該局進一步舉例說明，委託人A君98年度將其持有之股票交付信託，信託態樣為「本金自益，孳息他益」，並以甲公司為孳息受益人之一。甲公司99年度因該信託財產股票所產生之股利孳息504,308元，列報為不計入所得額課稅的投資收益，惟因該收益並非甲公司投資國內其他營利事業所獲配之股利淨額或盈餘淨額，自無所得稅法第42條第1項不計入所得額課稅規定之適用，核屬一般股息及紅利，該局乃將該筆收益計入課稅所得額，並將其獲配他益信託財產股票孳息所含之可扣抵稅額，自股東可扣抵稅額帳戶中剔除。申請人不服，申經復查遭駁回確定在案。
該局提醒公司組織之營利事業於所得稅結算申報時，如有因上揭信託契約取得之股利淨額或盈餘淨額，務必依規定辦理。
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