考量納稅義務人領取小額退（補）稅必須耗費時間及交通費用，另稅捐稽徵機關辦理退（補）稅款及移送欠稅強制執行亦有作業成本，財政部參據97年行政院賦稅改革委員會有關「營業稅簡化稅政之研究」議題決議，於99年1月6日修正公布稅捐稽徵法第25條之1規定：「依本法或稅法規定應補、應退或應移送強制執行之稅捐在一定金額以下者，財政部得視實際需要，報請行政院核定免徵、免退或免予移送強制執行。」並於99年9月24日訂定相關免徵免退限額。
以綜合所得稅100年度開徵案件為例，每次應補徵金額300元以下免予補稅案件共64,423件，金額6,339,660元；每次應退金額200元以下免予退稅案件共98,416件，金額3,975,176元。
目前各稅目免徵、免退限額表如附表；但稽徵實務上，如納稅義務人要求退還200元(或100元)以下之稅款，稅捐稽徵機關均受理並退還。
至於綜合所得稅採用稅額試算服務完成申報案件，其後續之核定作業與一般結算申報案件相同，其應補稅額在300元以下者，免徵；應退還稅額在200元以下者，免退。倘納稅義務人申請退還綜合所得稅免退限額以下之退稅款者，稅捐稽徵機關均儘速退還，以兼顧納稅義務人之權益。
財政部表示，為使退稅作業更符合民眾之利益及期待，該部張部長已責成賦稅署就各稅目免退限額之規定，立即進行檢討，如有結果，今年將立即實施。
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