財政部臺灣省北區國稅局表示，近一年審理99年度營利事業所得稅案件時，發現部分營利事業有浮報產業創新條例（以下簡稱產創條例）研究發展支出投資抵減稅額，造成短繳自繳稅額及減少國庫稅收之情形。為防杜營利事業取巧並維護租稅公平，各地區國稅局於101年10月31日在該局召開「101年度財政部各地區國稅局營利事業所得稅稽徵業務聯繫會議」中，就公司申報適用產創條例研究發展支出投資抵減稅額，已實際抵減當年度應納稅額或上一年度未分配盈餘加徵稅額，嗣後經稽徵機關核定調減投資抵減稅額，致有應補繳之稅額時，應如何處理，做充分討論並做成決議。

公司申報適用產創條例研究發展支出投資抵減稅額，嗣後經稽徵機關核定調減投資抵減稅額而補徵稅額之案例，經歸納有下列情況：

情況一：公司未向主管機關申請認定研發活動，惟結算申報有申報產創條例研究發展支出，並實際抵減當年度應納稅額，經稽徵機關核定補徵稅額。

情況二：公司向主管機關申請認定研發活動項目及金額，小於結算申報產創條例研究發展支出，卻依結算申報產創條例研究發展支出計算可抵減稅額，且實際抵減當年度應納稅額，惟主管機關認定僅部分項目研發計畫符合高度創新，經稽徵機關核定補徵稅額。

情況三：公司向主管機關申請認定研發活動項目及金額，與結算申報產創條例研究發展項目及金額相符，且實際抵減當年度應納稅額，嗣後全案撤回，經稽徵機關核定補徵稅額。

情況四：公司向主管機關申請認定研發活動項目及金額，與結算申報產創條例研究發展項目及金額相符，且實際抵減當年度應納稅額，嗣後公司向主管機關申請更正減少認定研發活動項目，經稽徵機關核定補徵稅額。

情況五：公司向主管機關申請認定研發活動項目及金額，與結算申報產創條例研究發展項目及金額相符，且實際抵減當年度應納稅額，惟經主管機關認定僅部分研發活動符合高度創新，經稽徵機關核定補徵稅額。

情況六：公司向主管機關申請認定研發活動項目及金額，與結算申報產創條例研究發展項目及金額相符，且實際抵減當年度應納稅額，並經主管機關認定全部研發活動符合高度創新，惟經稽徵機關調減產創條例研究發展支出，核定補徵稅額。

該局表示，針對上開案件，各地國稅局決議將依下列方式辦理：

1. 營利事業研究發展支出之申請應符合公司研究發展支出適用投資抵減辦法(以下簡稱投抵辦法）第12條及第13條規定，當年度始得適用投資抵減之獎勵。倘公司申報投資抵減金額與依法向中央目的事業主管機關申請認定之研究發展活動金額不符者，除依法補徵稅額外，須依所得稅法第100條之2規定加計利息。
2. 營利事業依投抵辦法第12條及第13條規定，申請適用研究發展支出投資抵減，嗣經全部或部分撤回，因撤回效力及於申報時點，視為納稅義務人自始不符合產創條例之規定，納稅義務人撤回申請，如已抵減當年度應納稅額者，應依稅捐稽徵法第48條之1自動補報及補繳稅款；如未依規定自動補報補繳者，除依法補徵稅額外，須依所得稅法第100條之2規定加計利息。
3. 研究發展活動及支出項目因中央目的事業主管機關認定不符合投抵辦法，或研究發展支出金額因稽徵機關核定不符合投抵辦法規定，而核定調減投資抵減稅額，以致補徵稅額者，無須依所得稅法第100條之2規定加計利息。
4. 營利事業申報投資抵減金額超過其依投抵辦法第12條規定向中央目的事業主管機關申請認定之範圍，簽證會計師未予更正、調整或說明，致逃漏稅額情節重大者，稽徵機關得依會計師代理所得稅事務辦法第12條規定，報請行政院金融監督管理委員會交付會計師懲戒委員會依法處理。

此外，北區國稅局提醒，公司在填寫適用投資抵減之研究發展支出申請金額時，所填報之類別及金額應與實際支出類別及金額一致。如嗣後經審理發現有與向中央目的事業主管機關申請認定研究發展活動金額不符之情形，將依抵減辦法第13條規定，按結算申報書產創條例研究發展支出適用投資抵減明細表中，研究發展支出各類別之金額逐類認定其適用投資抵減之金額。

北區國稅局呼籲營利事業應正確申報投資抵減資料，並確實遵守規定，以維護自身權益。

(聯絡人：審查一科 華文玲;聯絡電話：03-3396789轉1322)