南區國稅局表示，西醫師在醫療機構從事醫療及相關行政業務所獲取之所得，屬執行業務所得或薪資所得抑或兩者兼有，以往係依據財政部90年12月27日台財稅字第0900457146號令釋規定，由稽徵機關查明醫療機構與醫師之間係屬「僱傭」或「駐診拆帳」關係而定，惟行政院衛生署依據醫療法、全民健康保險法、民法及醫院評鑑制度等相關規定，已明確核釋醫療機構與醫師間不具駐診拆帳或合夥法律關係，應認屬僱傭關係。至診所醫師間之法律關係，因醫療法相關規定並未禁止醫師合夥經營診所，是不以僱傭關係為限。

該局指出，鑑於行政機關對於同一法律關係應採一致性認定原則，財政部乃於101年1月20日發布台財稅字第10000461580號令，重新核釋醫師在醫療機構提供勞務報酬之課稅規定：自101年度起，除私立醫療機構申請設立登記之負責醫師及聯合診所之個別開業醫師，其執行業務收入減除成本及必要費用後之餘額，應依所得稅法第14條第1項第2類執行業務所得課稅外，公私立醫療機構、醫療法人及法人附設醫療機構所聘僱並辦理執業登記之醫師從事醫療及相關行政業務之勞務報酬，應依所得稅法第14條第1項第3類薪資所得課稅，並廢止前揭財政部90年令釋。

另為釐清醫師合夥經營診所，其聯合執業醫師之所得課稅規定，財政部於101年4月24日發布台財稅字第10100547800號令，補充核釋2人以上醫師共同出資，以聯合執業模式經營診所，共同負擔盈虧風險與執行業務之成本及必要費用，且診所申請設立登記之負責醫師與其他執業醫師間不具僱傭關係者，其執業醫師依聯合執業合約所分配之盈餘得按執行業務所得課稅規定。

該局進一步說明，財政部此次重新核釋係屬法律見解變更，將自101年度起適用，以往年度之案件不會溯及影響。另該局特別提醒醫療機構扣繳義務人如已依財政部90年令釋規定就醫師報酬按執行業務所得扣繳所得稅款者，可依所得稅法相關規定向稽徵機關辦理扣繳稅款之留抵或申請退還，並請注意相關扣繳規定，以正確填報各類所得扣繳暨免扣繳憑單。

新聞稿聯絡人：法務一科楊稽核06-2228068
彙總編號：10105-1703