公司98年度與以前年度員工分紅及以公司權益商品價格基礎給付之員工勞務成本（以下簡稱98年度勞務成本），依營利事業所得稅查核準則第71條規定認列為薪資支出者，按財政部98年9月17日台財稅字第09800257300號令（以下簡稱98年釋令）規定，其屬研究發展單位專門從事研究發展工作之全職人員之薪資，可依「公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法」（以下簡稱促產研發投抵辦法）第2條第1項第1款規定，以各年度實際發放或員工實際執行數額適用研究與發展支出投資抵減。

前開98年釋令明定以「各年度實際發放或員工實際執行數額」適用研究與發展投資抵減，爰得否享受投資抵減優惠規定，應以實際發放或員工實際執行年度之法律及相關法規為準。如係於99年度或以後年度始實際發放或執行者，考量案關98年度勞務成本本質上有延後實際發放或執行之特性，且仍屬產創條例第10條及公司研究發展支出適用投資抵減辦法（以下簡稱產創研發投抵辦法）第4條第1項第1款規定之研究發展支出項目，與其他適用促產研發投抵辦法規定惟未續予保留於產創研發投抵辦法規範之支出項目（例如：研發用儀器設備之購置成本或建築物之折舊或租金等）尚有不同，為兼顧信賴利益保護及依法行政原則，爰發布解釋令，明定公司98年度勞務成本，其屬公司投入研究與發展活動符合促產條例第6條第2項及促產研發投抵辦法規定範圍，且相關勞務成本屬於研究發展單位專責從事研發工作全職人員之薪資，於99年度或以後年度始實際發放或執行者，該實際發放或執行數額，可依產業創新條例第10條及第72條規定適用研究發展支出投資抵減。

財政部提醒，公司98年度勞務成本，屬研究發展單位專責從事研究發展工作全職人員從事之研究與發展活動，由稽徵機關併同公司費用發生年度營利事業所得稅結算申報審查者，嗣後實際發放或執行時，尚無需再依產創條例第10條及公司研究發展支出適用投資抵減辦法第12條規定責由中央目的事業主管機關重複審查認定，以簡化行政作業。

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